U potresima 22. ožujka i 29. prosinca 2020. crkva i samostan teško su stradali.

Potres je oštetio svodove i nosive lukove, nastale su brojne pukotine, a zvonik se u potpunosti odvojio i zarotirao za nekoliko centimetra. Stoga je najveći izazov u obnovi stabilizirati crkvu i čuvati freske i crkve koje su pod budnim okom konzervatora.

Konstrukcijska obnova trebala bi završiti do 30. svibnja, a vjernici bi se, prema planu, u crkvu trebali vratiti ujesen 2022. godine.

U specijaliziranoj mjesečnoj emisiji o građevinarstvu „Koordinacija“ 25. ožujka 2022., dvije godine nakon zagrebačkog potresa, prikazan je prilog o obnovi u potresu stradale crkve i samostana sv. Franje Asiškoga na zagrebačkom Kaptolu.

O obnovi koja je počela u rujnu 2021. u emisiji govore voditelj gradilišta Ante Kelava iz tvrtke Spegra te projektant obnove Damir Foretić iz tvrtke Foretić i sinovi. Procjenjuje se da će u obnovi samostana i crkve koji se prostiru na 1200 četvornih metara sudjelovati do 120 radnika. Investicija je vrijedna više od 135 milijuna kuna.

Prilog o crkvi sv. Franje može se pogledati u prvom dijelu emisije: