Papa Franjo je apostolskim pismom, u obliku motuproprija, naslovljenim „Fidem servare“ promijenio unutarnju strukturu Kongregacije za nauk vjere, jasno razdvajajući, ustanovljenjem dviju odvojenih sekcija, doktrinarnu i disciplinsku nadležnost, te svakoj dodijelio tajnika. Kardinal pročelnik dikasterija imat će, dakle, dva zamjenika. Svrha je reforme dati odgovarajuću važnost doktrinarnoj sekciji, te njezinoj temeljnoj ulozi promicanja vjere, ne zanemarujući disciplinsku aktivnost, nakon više desetljeća tijekom kojih je mnogo truda i mnogo ljudskih resursa uloženo u ispitivanje slučajeva zlostavljanja. Na taj će način, s vlastitim tajnikom, svaka sekcija imati više snage i više autonomije.

„Fidem servare“, očuvati vjeru, naslov je dokumenta jer – objasnio je Papa – to je glavna zadaća, kao i konačno mjerilo koje valja slijediti u životu Crkve. Kongregacija za nauk vjere preuzima tu važnu obvezu, preuzimajući i doktrinarnu i disciplinarnu nadležnost, onako kako su mu ih odredili pape, posebno Pavao VI. i Ivan Pavao II. Uzimajući u obzir iskustvo koje je Kongregacija za nauk vjere stekla kroz godine na različitim područjima rada, papa Franjo stoga, kako bi joj dao prikladniji pristup za obavljanje njezinih funkcija, utvrđuje da dikasterij obuhvaća dvije sekcije, doktrinarnu i disciplinarnu; svaku koordinira njezin tajnik koji pomaže pročelniku na konkretnom području vlastite nadležnosti, uz suradnju dotajnika i predstojnikā ureda.

Doktrinarna sekcija bavi se pitanjima koja se odnose na promicanje i zaštitu nauka vjere i morala. Potom, podupire istraživanja usmjerena na veće poznavanje i prijenos vjere u službi evangelizacije, kako bi njezino svjetlo bilo mjerilo za shvaćanje smisla postojanja, ponajviše u odnosu na pitanja koja postavljaju napredak znanosti i razvoj društva. Osim toga, provjerava dokumente koje trebaju objaviti drugi dikasteriji te spise i mišljenja koji se čine problematični za pravu vjeru, podupirući dijalog s njihovim autorima i predlažući odgovarajuća rješenja. Toj je sekciji povjerena zadaća razmatranja pitanja koja se odnose na osobne ordinarijate bivših anglikanaca, te upravljanje Bračnim uredom koji se odnosi na takozvani „privilegium fidei“ i ispituje razvod brakova sklopljenih između dvoje nekrštenih ili između jedne krštene i jedne nekrštene osobe.

Disciplinska sekcija bavi se zločinima koji su dodijeljeni Kongregaciji za nauk vjere, a koje rješava, u njoj ustanovljeni, Vrhovni apostolski sud. Zadaća je te sekcije pripremiti i razraditi postupke predviđene kanonskim odredbama kako bi Kongregacija, u svojim različitim instancama (pročelnik, tajnik, promicatelj pravde, kongres, redovno zasjedanje, Vijeće za ispitivanje žalbi u vezi s delicta graviora) mogao promicati ispravno provođenje pravde. U tu svrhu, disciplinska sekcija promiče odgovarajuće inicijative formacije ponuđene biskupima i djelatnicima pravde, kako bi podupirali ispravno shvaćanje i primjenu kanonskih normi koje se odnose na područje njihove nadležnosti.