Kad su se očekivanja vodstva istarskog Narodnooslobodilačkog pokreta (NOP) da je pitanje poslijeratne pripadnosti Istre i Julijske Venecije (Jugoslaviji ili Italiji) riješeno na bojnom polju, te da neće biti predmet diplomatske borbe, pokazala nerealnim, jugoslavensko državno-partijsko vodstvo, svjesno da bi mu u političko-diplomatskoj borbi za priključenje Istre mogla  biti od koristi pomoć pojedinih uglednih istarskih svećenika, u prvom redu Božo Milanović, dali su signal vodstvu NOP-a u Istri da pokuša stupiti u kontakt s Milanovićem i pridobiti ga za suradnju. Na ranija upozorenja nekih svećenika i barbanskog narodnjaka Ivana Kolića da jedino pozitivno  rješenje slučaja svećenika Bože Milanovića i Zvonimira Brumnića, koji su tada živjeli u Trstu, a od partizana su prozivani kao najgori narodni neprijatelji, može otvoriti put suradnje s istarskim klerom, vodstvo Oblasnog Narodnooslobodilačkog (ONOO) jednostavno se nije obaziralo.

Božo Milanović je u trenutku završetka drugog svjetskog rata uživao veliki ugled i utjecaj među istarskim Hrvatima. Taj utjecaj stekao je, kako svojim intelektualnim autoritetom, tako i dosljednim zauzimanjem za nacionalna prava svojih sunarodnjaka, još u doba austrijske vlasti tako, a još više u vrijeme fašističke dominacije u Istri. Nakon uzaludnih pokušaja vodstva NOP-a da se Milanovića dovede i na „razgovore“ u Istru, iza čeg se krila namjera da ga se likvidira, u Istri nije bilo javne manifestacije u kojoj nije bio prozivan, skupa sa svećenikom Zvonimirom Brumnićem, kao izdajica i narodni neprijatelj. Ipak, pod pritiskom događaja, a u želji da pokaže svoj legitimitet pred međunarodnom i domaćom javnošću, nova vlast se odlučila za pregovore s, do jučer, najprozivanijim neprijateljem. I ono što je samo do pred mjesec dana izgledalo nemogućim ipak  se dogodilo. U Trstu je 16. srpnja1945. došlo do sastanka između predstavnika NOP-a Dušana Diminića i Ivana Motike s Božom Milanovićem, na kojem su precizirani uvjeti međusobne suradnje. Potpisan je Sporazum, od riječi do riječi, sljedećeg sadržaja

1. Odnošaj svećenika B. Milanovića prema N. O. Pokretu bit će uređen dogovorenom izjavom koju će dati na sastanku svećenika u Pazinu dne 18. srpnja 1945., izjavom koju će predstavnici NOP objelodaniti u „Glasu Istre“.

2. Svećenik Božo Milanović posredovat će na spomenutom sastanku u ime NOP izjavu, da će biti povoljno riješena, dotično da su već prihvaćeni zaključci o povoljnom rješenju ovih pitanja

a) Hrvatsko svećenstvo u Istri smije osnovati svoje staleško društvo „Zbor svećenika sv. Pavla“, kojemu se priznaje pravo posredovanja između državnih vlasti i svećenika, naročito pak u slučaju optužbe kojeg svećenika.

b) Poradit će se na tome da se dozvoli izdavanje jednog vjerskog lista u hrvatskom jeziku za Istru..

c) Nastojat će se, da zgrada „Đačkog doma“ u Pazinu bude upotrebljena za hrvatsko sjemenište, osnutak kojeg će NOP podupirati:

d) „Društvu sv. Mohora za Istru“ dozvoljava se da osnuje jednu svoju podružnicu u Pazinu u svrhu lakše raspodjele vjerskih knjiga, kao što i drugih društvenih izdanja.

e) Širenju molitvenika, katekizama i drugih vjerskih knjiga neće se činiti nikakva zapreka.

f) Sjemeništarci i bogoslovi neće biti pozivani u vojnu službu barem do definitivnog određenja državnih granica i to u sporazumu s vojničkom upravom.

g) Već je dozvoljen vjeronauk u istarskim školama

h) Svećenik Zvonimir Brumnić može nastupiti službu u Istri te neće imati nikakvih neprilika.

Potpisnici: D. Diminić, Ivana Motika i Božo Milanović.

Spomenutim sporazumom otvara se novo poglavlje u odnosima NOP-a i hrvatskog svećenstva u Istri. Obje su strane uočile važnost one druge za ostvarenje zajedničkoga strateškog cilja – sjedinjenja Istre s Hrvatskom. Svećenici, predvođeni autoritetom B. Milanovića, prihvaćaju suradnju onog trenutka kad im je postalo jasno da je NOP, s jedne strane, jedina relevantna politička snaga koja može ostvariti navedeni strateški cilj, a s druge strane, da je spreman poštivati pa čak i pomagati vjersko djelovanje Crkve. Nezgoda je bila u tome što za svoj diplomatsko-politički rad nisu imali suglasnosti svojih biskupa Talijana. U konkretnim situacijama između poslušnosti biskupu i zova savjesti pokušali su pomiriti jedno i drugo. Zahvaljujući u prvom redu diplomatskoj i pravnoj (kanonskoj) vještini B. Milanovića izbjegnuti su incidenti s biskupima. Budući se nije moglo dosljedno držati načela „Nulla sine episcopo“ (Ništa bez biskupa) i ostvariti nacionalne ciljeve, istarsko svećenstvo je krenulo linijom „Nulla contra episcopo“ (Ništa protiv biskupa».

Sukladno Sporazumu od 16. srpnja, u Pazinu je 18. srpnja. 1945. održan svećenički sastanaka na kojem je Ivan Motika obavijestio 30-ak nazočnih svećenika o sporazumu između NOP-a i Milanovića, što su prema Milanovićevom svjedočanstvu, svećenici prihvatili sa zadovoljstvom. Jedinstvena Narodnooslobodilačka fronta Istre (JNOF) je potom dopisom od 25. srpnja pozvala hrvatske svećenike da 31. srpnja dođu na sastanak u Pazin. Na tom sastanku trebalo je odrediti daljnji moduse suradnje. Iako su oba istarska biskupa bila protiv održavanja sastanka, Santin je čak preporučio Milanoviću da se ne potpisuje nikakva izjava o priključenju Istre Jugoslaviji, sastanak je održan 31. srpnja 1945. u franjevačkom samostanu u Pazinu. Na sastanku su 44 svećenika potpisala izjavu u kojoj traže da „ (…) mora biti Istra iz etničkih, geografskih i ekonomskih razloga priključena Demokratskoj Federativnoj Jugoslaviji.“ Na početku samog sastanka Milanović je pročitao izjavu o sastanku s predstavnicima NOP-a na kojem su „razjasnile razlike“ te priznao velike zasluge NOP-a u oslobođenju Istre, zbog čega smatra „da treba sa vlastima NO Pokreta sudjelovati za dobro naroda.“

Oba istarska biskupa, porečko-pulski mons. Raffaele Radossi i tršćansko-koparski mons. Antonio Santin bili su protiv odlaska svećenika na sastanak zakazan za 31. srpnja. Suočeni sa zabranom svojih biskupa istarski su svećenici sa sastanka u Karojbi 29. srpnja uputili molbu JNOF-i da ODGODI (podcrtano u originalu, op. aut.) sastanak određen za 31. srpnja. Iz pisma doznajemo da je na sastanku predstavnika JNOF-e i svećenika 18. srpnja dogovoreno da će o sastanku zakazanom za 31. srpnja biti obaviješteni biskupi. Pritisnuti s jedne strane zabranama svojih ordinarija, a s druge strane insistiranjem vlasti da se sastanak svakako održi, svećenici su posegli za salomonskim rješenjem. Odlučili su da će sastanak imati privatni karakter,  tj. svećenici su pozvani na sastanak kao privatne osobe (građani), a ne kao pripadnici svećeničkog staleža.

Memorandum hrvatskih i slovenskih svećenika  Savezničkoj komandi u Trstu upućen 20.srpnja 1945. sintetizirano je objasnio etničke, povijesne, gospodarske i kulturne razloge zbog kojih svećenici traže priključenje Julijske Venecije Jugoslaviji. Ističe da svećenici, unatoč brzom razočaranju novom (partizanskom) vlašću, „žele i hoće priključenje Jugoslaviji, ali sigurno ne komunističkoj, nego istinski demokratskoj i narodnoj.“ Svećenici kao članovi ili simpatizeri Kršćansko-socijalne stranke naivno su još uvijek vjerovali u uspostavu demokratskih standarda u Jugoslaviji, u kojima bi se kršćanski socijalisti pojavili kao partner Komunističkoj partiji. I sam se Milanović, sve do završetka rata, nadao uspostavi parlamentarne demokracije u Jugoslaviji. Zato se spremao obnoviti Narodno-kršćansku stranku, koja bi, u danom trenutku, uz pomoć Saveznika, sudjelovala u preuzimanju vlasti u Istri. Međutim, kad se uvjerio da nova (komunistička) vlast ne pomišlja na dijeljenje vlasti s bilo kime, odustao je od svoje nakane. Zahvaljujući istančanom sluhu za realnost, Milanović je bez velikih trauma prihvatio novu vlast i počeo surađivati s njom. Taj njegov suradnički odnos prihvatio je  najveći dio istarskog hrvatskog svećenstva. Ako već nije mogao uspostaviti partnerske odnose s vlašću, Milanović je za Crkvu i narod u Istri nastojao izboriti poziciju čimbenika o čijim će zahtjevima partijsko-državni vrh morati voditi računa. Uvijek vođen načelom koje će kasnije i eksplicite izreći: „Režimi prolaze, narod ostaje.“