Alojzije Stepinac uhićen je oko 5 sati i 30 minuta ujutro na području Nadbiskupskog dvora na Kaptolu. U to se vrijeme pripremao slaviti svetu misu. Nakon toga je 30. rujna izveden pred već montirani politički sudski proces. Znamenit je njegov govor pred sudom 3. listopada, koji nije samo obrana nego optužnica nepravednog suda i vjeroispovjest za koje je svetinje on spreman položiti i život.

Na temelju iznuđenih izjava i lažnih svjedočanstava, čak i krivotvorenih dokumenata, nevin je osuđen 11. listopada 1946. na 16 godina zatvora i prisilnog rada te daljnjih 5 godina lišenja svih građanskih prava.

19. listopada 1946. odveden je na izdržavanje kazne u kazneno-popravni dom u Lepoglavi gdje je bio do 5. prosinca 1951. Bilo mu je dopušteno slavljenje mise i čitanje teoloških knjiga, ali je držan u potpunoj izolaciji, a po svoj prilici i trovanju, što je uvelike narušavalo njegovo zdravlje.

Nakon 1864 dana provedenih u lepoglavskom zatvoru, 5. prosinca 1951. bio je premješten na izdržavanje preostalog dijela kazne u internaciju u rodni Krašić. U zatočeništvu, 12. siječnja 1953. imenuje ga kardinalom papa Pio XII. na što su vlasti prekinule diplomatske odnose sa Svetom Stolicom.

Preminuo je 10. veljače 1960. godineza vrijeme izdržavanja nepravedne kazne. Umro je kako se to u mučeničkom rječniku kaže “ex aerumnis carceris” – od “zatvorskih tegoba”, ali moleći za progonitelje i s Gospodinovim riječima na usnama: “Oče, budi volja tvoja!”